明太祖朱元璋生前大肆屠戮開國功臣，雖然他煞費苦心的把杖上的荊棘都削掉了，可他做夢也沒想到自己剛剛去世，尸骨未寒，墳土未干，竟然禍起蕭墻，突起內訌，兒子和孫子竟動起刀兵來。叔叔和侄兒撕破臉大打出手，只為爭奪皇位。這段歷史被稱作「靖難之役」。

朱元璋65歲時，皇太子朱標沒等到繼位就病ㄙˇ了。老皇帝傷心欲絕，愛屋及烏下，遂立年方16歲的長孫朱允炆為皇太孫。這位皇儲的性格和其父朱標很像，秉性仁慈柔順，他將來能否駕馭住那班桀驁不馴的文武大臣？能否肩負天下之重任呢？這一切都使老皇帝很是擔心。

于是他大肆屠戮功臣，為孫子「削棘」 。他通過郭桓、胡惟庸、藍玉、空印等案興起大獄，順藤摸瓜，廣泛株連，共有十余萬人罹難 。之后，大明「文武盡矣」，廟堂為之一空。

公元1398年，明太祖朱元璋崩逝，皇太孫朱允炆繼位，改第二年為建文元年，是為建文帝。

此時，弱君在朝，強藩在外，新老交替的大明顯然潛伏著巨大的危機。輔政大臣齊泰、黃子澄為新君獻計獻策，力主削藩，意思是削奪藩王的權勢，以夯實并鞏固皇權。

削藩之策，本是加強中央集權之長策 ，但幾位輔臣都是迂闊之人，缺少處理錯綜復雜現實政治問題的機變與才能，而且又操之過急，結果適得其反。

當初，雄才大略、實力雄厚的燕王朱棣雖有異心，卻并無反叛之謀 ，而且他內心非常恐懼，甚至一度裝瘋賣傻，以消弭侄兒建文帝對他的猜忌。

后來，建文帝采納輔臣之策開始削藩，接連處置了幾位藩王，或削奪其藩封，或貶黜為庶人，或終身軟禁，監視居住，或賜其自盡。這樣一來，使其他暫時未被觸動的藩王都感到兔ㄙˇ狐悲，驚懼起來。

建文帝按黃子澄的意思先不動軍事經驗豐富、麾下兵多將廣的燕王朱棣，待削奪了他的兵權、 時機成熟后再將他一舉拿下。

后來，當朝廷命令北平守臣抓捕燕王朱棣時，這守臣竟然將朝廷的籌謀告知了朱棣，并以此為「投名狀」歸附了他。燕王在謀臣、奇僧姚廣孝的策動下借機起兵南下，理由是朝中有大難，奸佞當權，蒙蔽圣聰，他要興起義兵除奸平逆，扶助君王。他以起兵討伐「貳臣」 齊泰、黃子澄「清君側」的名義舉兵反叛，明明是造反奪位，卻美其名曰「靖難」。燕軍也自稱「靖難軍」。

建文帝聽說燕王起兵發難，立即命朝廷大軍前去拒敵，但他又在詔令中畫蛇添足道：「古人云：‘一門之內，自極兵威，不祥之甚’。今爾將士與燕王對壘，務體此意，勿使朕有ㄕㄚ叔之惡名「 。又要官兵ㄕㄚ敵平叛，又不能傷害叛酋的性命，只為自己不背ㄕㄚ叔的惡名，如此一來，誰還敢浴血ㄕㄚ敵，英勇作戰呢？ 明軍官兵的手腳被建文帝」不得害朕叔父「這句話給捆住了。

之后，每當燕軍作戰不利敗退時，燕王往往親自殿后，遇到進攻遇挫有急難時，燕王又身先士卒、一馬當先，他幾乎成了靖難軍將士們的」護身符「。

南軍官兵見燕王在前或殿后，投鼠忌器，竟連箭都不敢射，屢屢功虧一簣。南軍自縛手腳，仗還怎麼打？最終的戰果也就可想而知了。靖難之役苦斗了四年之久 。有識無膽、仁柔寡斷的朱允炆果然像他爺爺朱元璋擔憂的那樣，徹底將一手好牌打爛。

最后，朱棣揮師南下，并拒絕了建文帝的求和 。燕軍渡過長江，李景隆等人開城迎降，帝都南京（應天）城破，宮中燃起了大火。燕王氣昂昂入城，遍搜建文帝而不可得，追問降官、宮人，都說皇帝已投火自焚。最后根據宮人指引，在余燼中扒出一尸，已燒得烏焦巴弓，面目全非，四肢不全，難以辨識。燕王見后雖有狐疑，但還是流下幾滴眼淚，喟嘆道：」癡兒，癡兒，何至于此「！

那具焦尸到底是不是建文帝呢？這是」明史「中的一大懸案。一種說法是建文遺骸，另一說是皇后的尸骸。

一些私家筆記言之鑿鑿的說城破時建文帝乘亂從地道中潛出，最后逃出南京，剃度當了和尚，云游四方，甚至還有乘海船出國的詭譎傳聞。建文帝生ㄙˇ之謎，至今仍然眾說紛紜，莫衷一是，沒有蓋棺定論。

有論史者認為，建文帝仁慈善懦，性格雖然有些迂腐，但他上位后行惠政于民，于是在百姓的心目中他并沒有ㄙˇ，故而大家也都不愿相信他在那場驚天大火中被燒ㄙˇ了。于是，建文帝出逃后藏匿民間甚至遠走海外的傳聞沸沸揚揚，越編越生動，最后甚至連朱棣自己都有些半信半疑了，或許這也是世人對篡位成功后的明成祖朱棣殘酷處置建文朝臣而極度不滿的緣故吧？