1444年3月，80歲的楊士奇病重將亡。聽聞消息后，朱祁鎮百感交集，連夜派人前往泰和縣，探望行將就木的老尚書。在見到來使時，楊士奇突然跪伏于地，自懷中掏出遺折，嘆道：
「朝中多難，危機四伏，祈望陛下能親賢臣、遠小人，勵精圖治，延續大明光輝。」
不久后，楊士奇與世長辭。朱祁鎮感念他的功勛，為楊士奇舉辦了隆重的葬禮，并罷朝兩日，追封他為左柱國、太師。在說到楊士奇的遺折時，朱祁鎮竟不屑一顧，將它扔進戶部的垃圾堆中。然而5年后，朱祁鎮卻在諸將面前公開辱罵楊士奇，還痛斥他是老匹夫。那麼朱祁鎮為何要這麼做？楊士奇與朱祁鎮之間發生了什麼？他讓朱祁遠離的小人究竟是誰呢？
楊士奇，江西泰和人。1399年，楊士奇進入翰林院，編纂「太祖實錄」。在埋頭編書時，楊士奇恰逢朝堂巨變，朱棣在靖難之役中擊敗侄子朱允炆，入主應天。
楊士奇為人機智警覺，善于應答，但城府極深。朱棣初次見到楊士奇時，對他大為贊賞，特將他提入「內閣」，參知政事。然而，楊士奇又是一個非常耿直的人，他多次冒犯圣威，讓朱棣下不來台。
1404年，徐奇赴廣東任職，朝中大小官吏，皆以豪禮相送，唯有楊士奇借故不去，也未曾送禮。朱棣聽說后，大罵朝中大臣結黨營私。可楊士奇卻直言勸諫：
「徐齊去南方煙瘴之地，群臣出于禮儀，送些禮物無可厚非，我若不是生病，也必當為他送行。」
楊士奇只言片語，即化解了朱棣的怒氣，又讓同僚免于責難。可見，楊士奇的心腸非常好，且能夠掌握說話的分寸，在適當的時機切中要害，是一位非常聰明的官員。
朱棣北伐時，朱高熾監國輔政。當時，朱高熾尤為喜愛詩詞歌賦，眾人苦勸不聽，只好求教楊士奇。楊士奇就上疏勸諫太子：「詩詞歌賦是用來陶冶情操的，而不是治國的。殿下是一國儲君，應當多學習前朝詔令，不應沉迷于此。」
正是有了楊士奇的輔佐，朱高熾才能在奪嫡之爭中多次擊敗漢王朱高煦。而在朱棣歸來后，朱高煦聯合朱高燧誣告朱高熾荒唐誤國，又是楊士奇臨危解難，幫助朱高熾穩住了太子之位。
于是，朱高煦將魔爪伸向了楊士奇。1414年，朱棣回到南京時，朱高熾忙于政務，姍姍來遲，引起朱棣不滿。朱高煦趁機拉攏武將構陷楊士奇，斥責他輔佐太子不盡心，迫使朱棣不得不將楊士奇下放詔獄看管。
然而，朱棣對楊士奇的忠心十分了解。他將楊士奇抓進獄中，不過是為了平息朱高煦及武將的怒火，并非真正治罪。在朱高煦多次引誘楊士奇誣陷太子時，楊士奇始終閉口不言，未曾說過一句朱高熾的壞話。
因此，在找不到楊士奇的利用價值后，朱高煦才將他從詔獄放出，而這也符合朱棣的心思。當時 ，朱棣常年外出北伐，朝中大臣多出自太子府。在大明朝，儼然形成了只知太子，而不是皇帝的局面。故而，朱棣利用朱高煦牽制朱高熾，以達到平衡的局面，有利于他控制朝政。
可在朱高煦多次暗中使絆后，楊士奇終于決定反擊。與朱高煦不同，楊士奇是一個文人，能用嘴ㄕㄚ人的時候，他們絕不用手。因此，在朱棣詢問朱高煦豢養ㄙˇ士、當街誅ㄕㄚ兵馬使的事情是否是傳說時，楊士奇冷言冷語道：
「我是太子府的人，外人是不會告訴我漢王的不軌之事的。但皇上讓他兩次外出就藩，他都不肯去，如今皇上要遷都北平，他卻要留在應天，他要干什麼呢？」
楊士奇的一席話，擊中了朱棣的要害。朱棣是造反出身，他最害怕他的子孫與他一樣謀反作亂。故而，楊士奇在質問朱高煦留在應天意欲何為時，無形中就向老皇帝傳達了一個非常危險的信號。不久后，朱高煦就被貶到樂安州，朱棣甚至將他的貼身兩衛全部廢除，形同軟禁。
1424年，朱棣在北伐途中病逝榆木川。得知消息后，朱高熾心慌意亂，欲要率人北上，迎回朱棣的靈柩。然而，楊士奇卻將他攔在宮門內。當時，朱高煦雖被貶樂安州，可他在軍中效力數十年，聲威顯赫。一旦知道朱棣病逝，朱高熾北上，必然會在中途設伏攔截。因此，楊士奇秘密派遣朱瞻基前往草原，而他與朱高熾則在京城暗中布防，做好最壞的準備。
楊士奇利用他的聰明才智騙過了朱高煦，保住了朱高熾的皇位。可僅僅十個月后，朱高熾卻突然駕崩，致使朝中慌作一團。在危機時刻，又是楊士奇站出來，力排眾議，扶立朱瞻墡監國，斬斷朱高煦趁機奪權的美夢，并從應天迎回被朱高煦暗ㄕㄚ的太子朱瞻基。
朱高熾、朱瞻基父子能夠安穩地繼承皇位，離不開楊士奇的輔佐，而兩次奪位失敗的朱高煦更是對他恨之入骨。因此，在朱瞻基剛剛繼位后，朱高煦就陰謀作亂，打著「清君側」的名義，欲發兵北平，效仿朱棣靖難。
然而，朱瞻基御駕親征朱高煦，沒用多久就平定了叛亂。當時，陳山密告朱瞻基，趙王朱高燧也參與了朱高煦的謀反。眾臣得知后，紛紛勸諫朱瞻基斬草除根，將朱高燧一同處ㄙˇ。可楊士奇卻提出了不同意見：
「陛下只有兩個叔叔，漢王朱高煦謀反被擒，ㄙˇ有余辜。可我們手中沒有朱高燧謀反的證據，對他只需要嚴加防范即可，切勿刀兵相加，以致遺禍子孫。」
正是楊士奇的勸諫，方才保住了朱高燧一脈，而在朱瞻基將楊士奇的奏疏遞送給朱高燧后，朱高燧痛哭流涕，從此再無反意，安心做藩王。
朱瞻基時期，楊士奇與楊榮、楊溥并稱三楊，而以楊士奇為首。在他們三人的輔佐下，朱瞻基才得以開創「仁宣之治」。
然而，楊士奇也犯了很多錯。朱瞻基在交趾問題上猶豫不定時，楊士奇力勸他以民生為本，放棄交趾。在北疆，朱瞻基采納楊士奇的建議，放棄奴兒干都司，致使山海關以北全境淪陷。而放棄開平衛所，將明軍撤回到長城以內，更是犯了一個極大的戰略錯誤。楊士奇治國理政堪稱一流，卻缺乏長遠的目光。
1435年，朱瞻基病重，臨終前多次召見楊士奇，委以他輔政之責。在朱瞻基病逝后，楊士奇、楊榮、楊溥力排眾議，摒棄眾臣想要推舉朱瞻墡的想法，扶持9歲的朱祁鎮繼承皇位。當時，朱祁鎮年幼，楊士奇等人又占據朝堂，手握生ㄕㄚ予奪的大權，雙方難免會發生不愉快的碰撞。
可是，太皇太后張氏卻無條件地站在楊士奇一邊，多次斥責朱祁鎮及其寵信的宦官王振。隨著朱祁鎮的年齡逐漸增長，他對楊士奇等人也更為不滿。而太皇太后張氏、楊榮先后病逝后，楊士奇再也無力遏制朱祁鎮、王振索取權力的欲望。
1442年，楊士奇的兒子楊稷當街ㄕㄚ人，遭到抓捕。王振等人利用楊稷的罪行，牽扯楊士奇。恐懼中的楊士奇只好告老還鄉，不再過問朝政。
兩年后，朱祁鎮的朝堂越來越黑暗。王振一手遮天，大力排斥異己，打擊政敵。眼看著朱瞻基留下的大好基業就要毀于一旦，楊士奇極為不滿，他著手寫了一道勸諫朱祁鎮的奏折。不曾想，奏折寫完后，他卻一病不起，奄奄一息了。
1444年，楊士奇躺在病床上，仰屋竊嘆，哀叫數聲后不幸病亡。然而，他費盡心血寫成的最后一道奏折，卻被朱祁鎮毫不猶豫地扔進了垃圾堆。
楊士奇病逝七年后，朱祁鎮聽信王振的建議，不顧群臣勸阻，執意北征瓦剌，結果兵敗土木堡。在被敵軍包圍時，朱祁鎮仍不思自己和小人王振的過錯，反而將罪行推給了力勸朱瞻基撤銷開平衛所的楊士奇，大罵他是老匹夫，誤了他的大事。縱然朱瞻基、楊士奇內遷明軍的舉動極為不妥，可四十萬精銳部隊土崩瓦解，卻是朱祁鎮、王振的「功勞」。
